A estufa retém o calor obtido pela entrada de radiação solar, aumentando a velocidade dos processos de fotossíntese e produção de oxigênio de modo a garantir a qualidade do desenvolvimento das mudas. A muda passa por um processo chamado rustificação para que fique resistente após seu desenvolvimento dentro da estufa e se acostume com o ambiente externo. A rustificação suspende e diminui, progressivamente, a irrigação, evitando possíveis perdas quando as mudas chegam em fase de replantio.

Para garantir o sucesso da estufa-viveiro é necessário um planejamento adequado, observando-se fatores como: a melhor época de plantio de cada espécie, o local ideal de instalação da estufa, a incidência de sol no local e a mão de obra necessária.

As estufas podem ser utilizadas para muitas aplicações, como hidropônica (uma forma de cultivo sem uso de solo, adicionando-se os nutrientes necessários para o desenvolvimento da planta diretamente na água em que será cultivada), hortaliças, orquidário, eucalipto, entre outros. Em estufas-viveiro que são cultivadas mudas de árvores e espécies nativas, quando estas atingirem o tamanho adequado para replantio serão, posteriormente, plantadas na natureza ou em parques e áreas verdes adequadas a cada espécie.

As empresas e proprietários rurais estão adequando-se a legislação para realizar a compensação ambiental que, em muitos casos, é o reflorestamento ou recuperação de áreas degradadas com a mesma biodiversidade do bioma do local. A compensação visa, a partir de estudos e planejamento, a recuperação do fornecimento de água, fauna, entre outros fatores ambientais. Com isso, muitas empresas se especializaram em construir estufas-viveiros para produção e comercialização de mudas e, inclusive, algumas empresas constroem suas próprias estufas-viveiros para fazer a compensação que for prevista para a mesma. A estufa de mudas da EMEA Parque Tangará/Parque escola é um instrumento para a educação ambiental que busca a conscientização da importância da flora para os biomas brasileiros, principalmente relacionado aos biomas Mata Atlântica e Cerrado pertencentes ao estado de São Paulo.